莆田湄洲岛上的妈祖祖庙，最早建于宋雍熙年间，距今已有一千多年的历史了。关于这座世界上最早建立的妈祖庙，民间流传着一个富有传奇色彩的故事。据说，北宋雍熙四年九月初九，林默羽化升天后，湄洲渔民为了纪念她，就在岛上立祠奉祀。那时的庙宇虽只落落数椽，但前来烧香膜拜的还不少。　　 
    这一年春天，大商人三宝押着一船贵重的货物，要运往达罗国。因天气恶劣，商船就停泊在湄洲湾秀屿港里过夜。第二天，云开日出。三宝决定起锚启航。临出发时，船碇好象被什么东西粘住似的怎么也拔不起来。水手下水去起船碇，吓了一跳，原来是一只大海龟，死死压在船碇上，赶也赶不走。　　
    水手急忙爬上船，禀报三宝说：“老爷，有只大海龟压住船碇，不让我们开船呢！”
    三宝觉得很惊奇，说：“今天遇上这等奇事，也许是神明启示我们：不日海上还有风暴呢。咱就安心在这里歇息数日再走吧。”　
    他们又在秀屿港歇了三天，果然海上又起风暴，波浪滔天。三宝计算了航程，大吃一惊！如果那天没有海龟挡驾，那一切都完了，必定财丧人亡，劫难在即。　　
    三宝越想越奇，就去询问当地老人，问他们：“此方什么神最灵？”老者回答说：“湄洲岛上的灵女最显。”
    三宝和伙计们买了香烛、畜牲，登上湄洲山，到“通贤神女”祠里烧香许愿：
    “神女有灵，此香为证，若能保佑我等水道平安，返航当重修神庙，再塑金身。”说罢，又行了三跪六拜之礼，把三炷线香插在祠前的石缝中间。
    三宝从湄洲回到船上时，大海龟才离开了船碇。于是他们放心地启锚起航。商船飘洋过海，一帆风顺。后来，三宝在达罗国经商三年，发了大财。回来时，大船已装满了金银财宝。
    三宝的船一进秀屿港，就想起当年海龟压碇的事，也记起当年焚香许愿的事。他赶忙带着伙计，特地登上湄洲岛去答谢神女。他们来到神女祠前，都感到万分奇异。原来，三年前插在庙前石缝中的三炷香，已经化成三株不知名的奇树。这天，正是林默的生日，树上枝叶茂盛，繁花万朵，奇香扑鼻，粉蝶缭绕于前，起舞翩翩。
    三宝当即叫人扛来几大箱银宝，捐赠给神女祠，吩咐说全部用于扩建妈祖庙。于是，一座富丽堂皇的妈祖庙出现在湄洲岛上。